Gdy cała konstrukcja już stoi, wydaje się że można już zacząć stawiać ściany. Jednak przed przejściem do tego etapu należy poświęcić trochę uwagi na izolację.

Właściwa ilozacja budynku przed wilgocią odgrywa kluczową rolę. Jeśli będzie ona wykonana wadliwie istnieje ryzyko, że wystąpi wilgoć a cały budynek zostanie osłabiony. Jest to ostatnia rzecz na której można oszczędzać budując z gliny i słomy. W przypadku budynku wEKOCENTRUM ICPPC w Stryszowie k/Krakowa zastosowano kilkustopniowe zabezpieczenie przed wodą i wilgocią:

Pierwsze kroki w kierunku zabezpieczenia podjęto już na etapie odlewania fundamentów, przygotowując odpowiedniej wysokości nadmurówkę. Nadmurówka ta znajduje się nad powierzchnią ziemi. Z jednej strony budynku 0,5 metra a z drugiej 1 metr (budynek stoi w środku górki, stąd różnice).
W celu zapewnienia izolacji pionowej, wzdłuż całego budynku przymocowano membranę kubełkową. Wystaje ona na 20 cm ponad nadmurówkę – w poźniejszym etapie zostanie zatynkowana.
Następnie wzdłuż całego budynku położono rury drenarskie o średnicy 10 cm. Odprowadzają one wodę która spływa z gór.
Na samym końcu, przed postawieniem ścian wykonano izolację poziomą z 2 warstw papy zbrojonej, zgrzanej z folią. Szerokość tego płatu papy wynosi średnio 60 cm.